Wenn man sich die Sourcen von Tk anguckt, dann gibt es generic-Verzeichnisse, wo der gemeinsame Code liegt, und dann Verzeichnisse für die jeweiligen Windowing-Systeme, also unix für X11, win für Windows. Im originalen Tcl/Tk-Code gibt es wohl auch ein mac-Verzeichnis, welches bei Perl/Tk nicht übernommen wurde.

Wie Dubu schon richtig anmerkt, setzt Tk recht nah auf die Xlib auf. Für Windows gibt es teilweise Wrapperfunktionen, die die Xlib-Funktionen in Win32-API-Aufrufe übersetzt (siehe z.B. unter win/tkWinDraw.c). Deshalb ist Tk unter Windows auch immer etwas träger als unter X11.