vielleicht etwas von hinten durch die brust und wahrscheinlich etwas overkill, müsste aber funktionieren:

du markierst etwas in irgendeiner anwendung und kopierst es in die zwischenablage (im normalfall mit STRG+C). dann hast du ein perl programm, zu dem du irgendwo eine verknüpfung anlegst. wenn du rechts auf die verknüpfung klickst und dann eigenschaften waehlst kannst du ne tastenkombination festlegen. diese musst du dann druecken um es von irgendwo zu starten.
das dadurch gestartete programm muss jetzt nur noch irgendwie deinem staendig laufenden programm die info uebergeben, dass es mal in die zwischenablage schauen soll. das könntest du mit einer socket connection oder so machen, aber es wuerde vielleicht auch reichen, an einen ganz bestimmten ort eine datei zu legen, das ueberpruefst du dann staendig in deinem "haupt"-programm...