das Modul # Net::FTP.pm mit der $VERSION = "2.56";
die Perl-Version ist:
v5.6.0
Binary build 623 provided by ActiveState Tool Corp. http://www.ActiveState.com
Built 16:27:07 Dec 15 2000

Die Doku zum Befehl sagt:
# rmdir( $ftp, $dir, [ $recurse ] )
#
# Removes $dir on remote host via FTP.
# $ftp is handle for remote host
#
# If $recurse is TRUE, the directory and deleted recursively.
# This means all of its contents and subdirectories.
#
# Initial version contributed by Dinkum Software
#

=> Deshalb hab ich erstmal erwartet, dass auch nicht leere Verzeichnisse gelöscht werden.
Muss wohl doch vorher alle Verzeichnisse durchsuchen und leeren, wie von jan vorgeschlagen