Jetzt habe ich es: Server läuft wieder aber ich habe vorsichtshalber das Script wieder entfernt.

Die Modperlconfiguration ist so gemacht, dass nur Scripts mit bestimmten Namen unter Mod_perl laufen.
Der entsprechende Eintragsieht so aus:
<FilesMatch ".*imagetn\.pl">
SetHandler perl-script
PerlHandler ModPerl::Registry
Options +ExecCGI
PerlOptions +ParseHeaders
#PerlResponseHandler ModPerl::PerlRun
</FilesMatch>

Das betroffene Script heißt imagetn.pl