Machst du das unter Windows?

File::Copy::Recursive prüft, ob Device und Inode-Nummer von Quelle und Ziel identisch sind. Unter Windows ist die Inode-Nummer, die stat() liefert, anscheinend immer 0, daher werden zwei Verzeichnisse auf dem gleichen Device immer als identisch angesehen. Das hieße, dass File::Copy::Recursive so nicht unter Windows funktionieren kann.