Also als Datenbankmanagementsystem kannst Du MySQL oder PostgreSQL. Die dürften für Deine Aufgabe mehr als ausreichend sein.

Um mit der Datenbank von Perl aus zu arbeiten, empfiehlt es sich, mit DBI zu arbeiten. Ich habe mal ein kleines Tutorial dazu geschrieben.

Da Du als Grundlage eine CSV-Datei hast, kannst Du mit DBI und DBD-CSV die Daten auslesen und die gewonnen Informationen in die Datenbank speichern.