Das wirst Du nicht anders machen können als mit einem weiteren SELECT. Außer Du wählst einen geschickten Primary Key, weil dann das Insert einfach fehlschlägt.

Wenn Du immer noch mit Genom-Daten arbeitest, dann würde ich die CRC64-Zahl (wie bei SwissProt) als Primary Key benutzen, weil die für jede Sequenz unterschiedlich ist. Für die Zahl gibt es ein Modul in BioPerl oder Du schaust mal in Bio::FASTASequence nach...