Die SQL-Strukturen von MySQL und DB2 ähneln einander, aber es gibt doch Unterschiede. Wenn Du nur Daten auslesen und nach MySQL bringen willst, sollte das bei richtiger Deklaration der Spalten kein Problem sein. MySQL ist da etwas lax und nimmt gewisse Dinge hin, was DB2 immer als Fehler ankreiden würde. Du kannst Dich via Perl mit beiden Datenbanken verbinden. Dann hättest du zwei Datenbankhandles, eins zu DB2 und eins zu Mysql. Dann liest du aus dem ersten und schreibst gleich nach dem Zweiten. So könnte ich mir das vorstellen, wenn es nur um die Inhalte geht. Keine Ahnung ob das lange dauert und du über Dateiumwege schneller wärst. Sonst schau doch mal unter diesem Link nach:
DBI-Perl