Ich habe zwar wenig Erfahrung mit mod_perl (da kann strat sicher mehr zu sagen), aber CGI.pm macht mit grosser Sicherheit keinen Fehler beim Parsen der Parameter. Uebliches Problem bei mod_perl ist eher, dass man irgendwo faelschlicherweise davon ausgeht, dass eine Variable beim Skriptstart leer bzw. undef ist, was unter mod_perl eben nicht der Fall ist. Mehr laesst sich kaum sagen, ohne den Code zu sehen.

Nachdem du eben netterweise darauf aufmerksam gemacht hast, dass der alte Link zum mod_perl-Tutorial nicht mehr funktioniert, hier noch mal der Link zum Original: http://perl.apache.org/docs/1.0/guide/porting.html
Vielleicht hilft es ja.