mod_perl wird im apache-child vorgehalten und auch direkt dort, also ohne neuen prozess, ausgeführt. dadurch ergibt sich imho schon, dass ein userwechsel wie bei suexec (für mod_cgi mit neuen prozessen) nicht möglich ist.
Als ich noch auf meinem Strato Server Visas laufen hatte gab es eine spezielle suexec die mod_perl für alle ermöglichte.