ich hab zwar keine Ahnung von Apache und noch weniger Ahnung von mod_perl... ganz zu schweigen von linux; ich kann aber lesen:

in httpd.conf

Alias /cgi-perl/ /perl/apache/scripts/
PerlModule Apache::PerlRun

<Location /cgi-perl>
SetHandler perl-script
PerlHandler Apache::PerlRun
Options +ExecCGI
#optional
PerlSendHeader On
...
</Location>

Fällt dir was auf?
Link: Apache::PerlRun