Du kannst Apache::Registry verwenden. Dann hast du sozusagen das Look'n'Feel von CGIs innerhalb von mod_perl.

Du könntest aber auch versuchen, viel Logik/Datenbankhandling/etc. in eigene Module auszulagern. Dann können CGI und mod_perl-Handler recht klein gehalten werden. Das empfiehlt sich auch, weil man damit auch leichter Testskripte schreiben kann.

Es gibt auch Frameworks, die beide Interfaces anbieten. Ich glaube, Catalyst kann das, auch wenn CGI wegen der Performance nicht empfohlen wird.