Hm...
ich werde es jetzt mal so versuchen daß ich im Projekt ein ./lib/-verzeichnis für die Module anlege.
Darin werden die Module dann gleich liegen.
Also:
./lib/Blafasel.pm
./lib/Blafasel/Helper.pm

Daneben werde ich die Test- und Makefiles in Unterverzeichnisse
./lib/t/
./lib/makefiles/
ablegen und die jeweilige Makefile.PL in
Modulname-Makefile.PL umbenennen.

Dann kann ich mir ein Shellskript machen, daß bei einen gewünschten CPAN-Export/Import die Dateien entsprechend rumschiebt und MANIEFEST und co erstellt, so daß ich eine saubere Dist krieg.

Denkbar oder Irrweg?