Es gibt Frameworks wie Catalyst, Jifty, oder Gantry - die können dir viel Arbeit abnehmen. Für MVC Applikationen verwende ich (also völlig subjektiv), die Regel das der Controller die Datenbankverbindung herstellt und an die Modelle übergibt, sodass nur ein DBH benötigt wird. Die Modelle sind Klassen, die z.B. die CRUD-Operationen auf eine Zeile der Tabelle abbilden und Klassen, die auf diese Basisklassen zurückgreifen um komplexere Operationen zu ermöglichen. Prinzipiell besteht die Möglichkeit einen OR-Mapper wie DBIx::Class zu verwenden, aber ich bevorzuge eigene Klassen zu erstellen. Die Views sind bei mir ausschließlich Templates, i.A. HTML::Template::Compiled Templates.
Variablen haben, wenn sie mit my deklariert sind, einen lexikalischen Gültigkeitsbereich. Wenn man direkt auf Variablen aus Modulen zugreifen will, muss man diese exportieren. Ich bevorzuge eh objektorientierte Module, dann schreibt man einen Getter/Setter oder überlässt das z.B. Moose.