Ich mache es so (oder versuche es zumindest), dass ich Module so schreibe, dass sie absolut unabhängig sind und auch in anderen Projekten eingesetzt werden könnten. Bei meinem UML-Editor kommen so auch Module für CPAN zustande. Dann brauch ich nur noch die Module "zusammenschustern".
Auch teile des Frontends arbeiten "autonom" und werden nur noch im Hauptprogramm "aktiviert". Das ist recht praktisch, da ich dann bei einem Umbau nur das einzelne Modul austauschen muss.

Links zu Guides habe ich nicht, aber wenn Du schon mehrere solcher Projekte geführt hast, solltest Du mittlerweile ein ganz gutes Gefühl dafür haben, wie man es machen kann.