Nur selten hatte ich in der Vergangenheit Storable::dclone() verwendet. Clone::clone() noch gar nicht, wenn ich mich korrekt erinnere.

Welches nun besser ist, vermag ich mangels Erfahrung nicht beurteilen.
Ich erinnere mich auch an keine großen Diskussionen, welches von den beiden neuerdings bevorzugt würde.

Clone's perldoc sagt selber:

perldoc Clone

SEE ALSO
Storable's "dclone()" is a flexible solution for cloning variables, albeit slower for average-sized data structures. Simple and naive benchmarks show that Clone is faster for data structures with 3 or fewer levels, while "dclone()" can be faster for structures 4 or more levels deep.

Während Storable's perldoc sagt:

perldoc Storable

There is a Clone module available on CPAN which implements deep cloning natively, i.e. without freezing to memory and thawing the result. It is aimed to replace Storable's dclone() some day. However, it does not currently support Storable hooks to redefine the way deep cloning is performed.

Ich würde derzeit zu Storable::dclone() tendieren, weil das seit Perl 5.7.3 im Core enthalten ist und Clone wohl noch nicht.

Der Rest wäre halt selber austesten, was einem vom Verhalten und Performance besser gefällt.

Ziemlich alte Beiträge deuten auf mögliche Probleme hin: https://duckduckgo.com/?q=site%3Aperlmonks.org+sto...

Ob diese Probleme so heute noch relevant sind, weiß ich nicht.

Ich denke, ein Austesten der Varianten wirst Du kaum vermeiden könenn.
Erkenntnisse aus den Tests wären hier willkommen ;-)