Das wird ... Bastelei. Der HTML::Parser behandelt <% als Text und nicht als Markup, Browser machen das genauso. Damit hat der Parser auch keine spezielle Behandlung von "Material zwischen <% und %>", das wird ganz normal geparst.
Wenn Du sowas behandeln willst, müsstest Du also selber Buch führen, ob Du gerade in so einem Bereich bist und Deine Link-Behandlung dran anpassen. Da gibt's viele eklige Sonderfälle wie zum Beispiel '<% <!-- %> -->', bei denen Du das %> nicht als "Text", sondern als Kommentar zu sehen bekommst.

Da würde ich dann vermutlich doch eher solche Bereiche als Ganzes vor dem Parsen rausziehen und hinterher wieder einfügen. Denn vermutlich gelten zwischen diesen Grenzen ganz spezielle Syntaxregeln, die nichts mit HTML zu tun haben müssen.