Ich verstehe nicht, worum es geht... was heißt das Tool "kommt manchmal mit einem STDIN"? Bleibt es einfach stehen, weil es auf Eingabe wartet? Das Tool liest dann vielleicht gar nicht von STDIN, sondern vom Terminal (unter Linux /dev/tty)?

Die Reaktionen "abbrechen und im Code weiter fortsetzen" kriege ich auch nicht unter einen Hut. Ohne Passwort wird das Tool vermutlich nicht fortsetzen wollen, oder?

Wenn das Tool von STDIN liest und Du möglicherweise ein Passwort liefern willst, dann hast Du eine bidirektionale Kommunikation mit Deinem Tool: Das geht nicht mit einer einfachen Pipe. Es gibt dazu ein eigenes Kapitel "Bidirectional Communication with Another Process" in perlipc. Wenn das Tool einen Passwort-Prompt liefert, dann müsstest Du die Zeilen von $pipe auswerten wie sie kommen und nicht nur in ein Array häufen.