Natürlich können Standardnutzer keine Jails+Filter erstellen. Sonst könnte ja jeder jemandanders blockieren.
Wozu brauchst du genau root-Rechte?

Jeder Webbenutzt kann sich doch ein eigene Log schrieben und das liest fail2ban per Filter/Jail aus, und Filter und Jail erstellst doch du als root (admin) einmalig für alle Nutzer.