Du kannst immer den vollen Pfad angeben:
/usr/local/cpanel/3rdparty/bin/perl -MCPAN -e shell

Oder gleich den Pfad in deinem logon-Script ändern (.zshrc, .bashrc, .profile oder wo auch immer), sodass bei Eingabe von perl gleich das richtige Perl aufgerufen wird.
export PATH="/usr/local/cpanel/3rdparty/bin:$PATH"