Ich habe das Problem mittlerweile gelöst: Ich verwende eine selbst gebaute Progress-Bar. Da diese in einer laufenden Routine upgedated werden muss und in diesem Zeitraum die Event-Loop nicht ans Laufen kommt, muss ich dazu direkt in den dafür vorgesehenen Ausgabe-Bereich zeichnen. Bei einer dieser Routinen hatte ein $widget->end_paint() gefehlt. Dies hat offensichtlich das Event-Processing durcheinander gebracht (als es wieder an die Kontrolle kam).

Danke trotzdem für die Antwort, bzw. die Bestätigung, dass eigentlich alles wie erwartet funktionieren müsste (und auch tut).