hm, wenn die Arrays nicht übermäßig viele Daten enthalten, glaube ich, dass der Unterschied kaum zu spüren ist.
Aber das ist nur meine einfache Vermutung.

Ich habe selber keine wirklichen Erfahrungen mit threads. Was ich mir vorstellen kann, dass Du die threads auch beim Beenden wieder aufräumen musst.

Laut https://perldoc.perl.org/threads.html kannst Du mal versuchen, ans Ende Deiner Subroutinen für die threads ein threads->exit(); einzubauen, um den thread zu beenden, wenn sein Job erledigt ist.