Der MD5-Hash dient dir zum Vergleich ob die Dateien zueinander passen/gehören.
Muss du halt mal deine key-, pem- und csr-Dateien durchgehen, wenn du wissen willst was nicht passt.

Mehr kann ich dir auch nicht sagen.
Meine Server benutzen andere Programme zum Erzeugen der SSL-Zertifikate.