Opened by LordK at 2016-07-03 14:59
Noch einmal "Hallo Zusammen",
danke für die Zahlreichen Antworten.
Und natürlich habt ihr recht, man muss die Shellkomandos übergeben... mein Fehler!
Also sieht das ganze momentan so aus:
Leider funktioniert das ganze immer noch nicht...
In der Shell wird mafft wir folgt ausgeführt:
Eventuell findet ihr ja den Fehler! Danke schon einmal!
Last edited: 2016-09-04 13:58:33 +0200 (CEST)
danke für die Zahlreichen Antworten.
Und natürlich habt ihr recht, man muss die Shellkomandos übergeben... mein Fehler!
Also sieht das ganze momentan so aus:
Code (perl): (dl
)
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my @mafft = ("mafft", "--auto", "--phylipout", "--reorder", "$file.fasta > infile"); system(@mafft) == 0 or die "system @mafft failed: $?";
Leider funktioniert das ganze immer noch nicht...
In der Shell wird mafft wir folgt ausgeführt:
Code: (dl
)
mafft --auto --phylipout --reorder file.fasta > infile
Eventuell findet ihr ja den Fehler! Danke schon einmal!
Last edited: 2016-09-04 13:58:33 +0200 (CEST)