Da empfiehlt es sich, entweder allen unbenötigten Whitespace am Stringende mit Hilfe eines regulären Ausdrucks zu entfernen (z.B. s/[\r\n]+$//;). Oder man setzt den Eingabedatensatztrenner auf das passende Zeilenende für die Datei (z.B. local $/ = "\r\n";), dann funktioniert nämlich auch chomp wie gewünscht.