Ob du nun die Kommandozeile in der Shell direkt eingibst oder Perl per system das in einer Shell starten lässt, ist egal.

Ich kann mir kaum vorstellen, dass in der Root-Shell ein Perl-Prozess in der Ressourcenutzung begrenzt ist.
Das müsste schon ein seltsam konfiguriertes Linux sein, wenn es sowas gibt.