Bei FTP-Servern hat man allgemein nicht die Möglichkeit, eigene Programme ausführen zu lassen. Bei HTTP-Servern kann man das, typischerweise als CGI. Du könntest also versuchen, beide Protokolle zu verheiraten, oder gleich alles über HTTP (evtl. auch WebDAV?) abzudecken. Oder du findest einen FTP-Server, der (über Hooks?) eigene Programme ausführen kann.