Aus dem Bauch heraus würde ich jetzt vermuten, dass das eingebettete Objekt wahrscheinlich in einem separaten Grafikkontext gerendert wird, vielleicht benutzt es auch 3D-Beschleunigung und wird im Gegensatz zu diversen anderen Teilen der Webseite direkt auf der Grafikkarte gezeichnet.

Wenn die "Screenshot" API nun so arbeitet, dass sie einfach die "normalen" Zeichenbefehle in einen Puffer im Hauptspeicher umleitet, dann fehlt halt das eingebettete Objekt.

Basierend auf dieser Hypothese würde ich vermuten, dass man das Problem loswird, wenn man die HTML-Rendering-Engine zwingt, die Darstellung des eingebetteten Objektes durch den Compositing-Prozess zu schleifen. Wie man das allerdings anstellen kann hängt vom benutzten Plugin ab.

Bei Flash-Inhalten kann man zum Beispiel sagen, dass sie "transparent" dargestellt werden sollen; dieser Lösungsansatz für ein ähnliches Screenshotproblem wird hier beschrieben: https://stackoverflow.com/questions/7642519/taking-screenshot-of-flash-object-using-selenium-with-webdriver

Ich habe allerdings keine Ahnung, was für ein seltsames Plugin Du hier einbindest und ob das damit auch machbar ist.