kann man es reproduzieren?
Also kannst du ein relativ kurzes script schreiben, das nach XXXX log-einträgen solche zeilen produziert hat? Dann poste das mal, damit wir sehen können, ob andere mit anderen Umgebungen zum selben Problem gelangen.

Hast Du geschaut, ob vielleicht Steuerzeichen irgendwo in den Messages sind, also zB CR oder so? (unsicher, ob das Auswirkungen haben würde, aber wer weiß)

Hast Du schon mal ein Up-/Downgrade von Log4perl versucht?