Schau mal, was File::Copy so bietet. Aber ich fürchte, so einen speziellen Fall wird es da nicht abgedeckt haben.

Schnell dahingedacht: Zum Selbst implementieren:

Lese Dateien aus Quellverzeichnis.
Für jede Datei:

• Prüfe, ob entsprechende Datei im Zielverzeichnis existiert
  
  • ] wenn ja, benenne die Datei im Zielverzeichnis temporär um
• kopiere Quelldatei ins Zielverzeichnis

Am Ende ermittle die Datei im Zielverzeichnis mit der höchsten Nummer.
Benenne dann die temporär umbenannten Dateien um, so dass ihre Namen nach der höchsten Nummer eingeordnet werden.

Bei verschiedenen Namens-Schemata musst Du das eben pro Schema berücksichtigen.