Wollte nur informieren; seitens IT wurde eine Lösung gefunden. Warum diese funktioniert, ist allerdings nicht zu ermitteln. Das Script wird ja per Webseite aufgerufen. Da ich nicht weiß, wie das rechtlich ist, wenn ich Code poste, hier nur kleine, verfälschte Ausschnitte;

Das hier ist der entsprechende Aufruf in der Original-Webseite, die per internem Server (Apache, IIS, oder sowas) bereit gestellt wird:



In der Start.cmd selbst wird nur der Pfad auf den Perlpfad erweitert und dann mit aufgerufen.

Sowohl aus der Webseite heraus, als auch durch direkten Start der start.cmd funktioniert das ganze nicht. Was aber funktioniert, ist eine Internetverknüpfung, die auf dem Desktop erstellt wurde:



Wie schon erwähnt, dass es geht, kam wohl durch Zufall heraus. Aber warum diese Unterschiede bestehen, dazu auch noch auf nur einigen Rechnern, ist wirklich ein Rätsel.
Oder haben lokal erstellte Verknüpfungen etwa andere Rechte/Variablen/Regeln aus Aufrufe aus dem Browser heraus? Falls ja, ist es immer noch fraglich, wieso der direkte Aufruf von start.cmd nicht funktioniert.