Ich sehe nur kleine Optimierungsmöglichkeiten:

• Die Zeilen 39 $cnt = 0; und 41 chomp $line; sind überflüssig, wenn das hier das vollständige Script ist.
• Die Zeilen 43 if ($line =~ m/^\*/) { $cnt++; next; } und 44 if ($line =~ m/^\s+/) { $cnt++; next; } lassen sich in next if $line =~ m/^[\*\s]/; zusammenfassen.

Deutlich schneller wird das Script dadurch vermutlich nicht.

Ansonsten sollte das Script in Richtung modernes Perl verbessert werden:

• use strict; und use warnings;
• lexikalische Filehandles

Diese Änderungen werden aber vermutlich auch keine Beschleunigung bewirken.

HTH
Grüße
payx