XML ist für den Transport von Binärdaten ungeeignet.

Gewöhnlich wird für Uploads der Enctype="multipart/form-data" mit Request-Method POST verwendet.
Mittlerweile funktioniert das auch mit JavaScript und AJAX über das FormData Objekt.

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Gibt es eine andere Möglichkeit um die Bilder hochzuladen?

Es gibt immer Gründe, über andere Möglichkeiten nachzudenken. So habe ich z.B. über die ebenfalls neuen Möglichkeiten, die das JavaScript-Objekt ArrayBuffer bietet, eine eigene Base64-Library entwickelt, weil ungezählte andere Libs, die ich getestet habe, fehlerhaft arbeiten, meine Lib siehe hier: http://rolfrost.de/base64js.html

Aber ein Upload braucht kein Base64 wenn Binärdaten native übertragen werden sollen, das geht auch einfacher und vor allem fehlerfrei über den Enctype"application/octet-stream" und Request-Method PUT anstelle POST: http://rolfrost.de/mfup.html

Zu Deinem Problem: Da der Transport über XML erfolgt, vermute ich einen Fehler in der Base64-Kodierung und würde die dafür zuständige JavaScript-Library mal probehalber austauschen.

MfG