Bei Perl bekommt die Dateiendung .cgi .pl den Handler cgi-script zugewiesen. Und beim CGI-Handler brauchen die Programme eben ein aktives execCGI und die Dateirechte +x.
Bei PHP wird bei .php die Action zugewiesen, die dann das PHP binary aufruft. Dabei wird ja das Programm direkt an das PHP binary weiter gereicht.
Oder es wird gleich das Modul mod_php verwendet, da existiert ein Handler php5-script.

Die Handler php und CGI agieren eben unterschiedlich, in Bezug auf Dateirechte.