#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# Hash, in den der ganze Datenbestand zwischengespeichert wird
my %hash;

# Zeilenweise den Datenbestand auslesen (hier aus dem virtuellen Filehandle DATA)
while (my $row = <DATA>) {

    # Newline am Ende der Zeile entfernen
    chomp $row;

    # Die Zeile nach # aufsplitten und in ein Array zwischenspeichern
    my @arr = split /#/, $row;

    # Die Werte in den Hash schreiben:
    #     Der Schlüssel ist das zweite Element (die Zahl), also Array-Index 1
    #     Der untergeordnete Schlüssel ist das erste Element (EE oder EF), also Array-Index 0
    #     Der eigentliche Wert ist das dritte Element (Test1, 11 usw.), also Array-Index 2
    #     Das vierte Element spielt laut Deiner Beschreibung keine Rolle, wird daher ignoriert.
    $hash{$arr[1]}->{$arr[0]}=$arr[2];

}

# Jetzt wird über die Schlüssel des Hashes (also die Zahlen) iteriert
for my $key (sort keys %hash) {

    # Wenn es zu diesem Schlüssel sowohl einen EE-Eintrag und einen EF-Eintrag gibt, dann ...
    if ($hash{$key}->{'EE'} and $hash{$key}->{'EF'}) {

        # ... gib den zu EF gespeicherten Wert aus
        print $hash{$key}->{'EF'} . "\n";

    }

}

__DATA__
EE#123#Test1#Hallo
EE#124#Test2#Hallo
EE#124#Test3#Hallo
EF#123#11#Hallo
EF#124#12#Hallo
EF#125#13#Hallo