Du interpretierst das Komma im Code falsch.
s{,} bedeutet String, 0fach bis mehrfach

C:\> type opt.pl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
my @foo;
GetOptions ('foo=s{,}' => \@foo );
print "$_\n" for (@foo);
C:\> perl opt.pl -foo jan1 ja2 j3
jan1
ja2
j3

>