Ein Fehler, der mir auffiel.

Zeile 22 zeigt das Öffnen der Datei:
open (iFile,"<$iFile") || die $!;
Zeile 24 liest aber nicht über das Dateihandle iFile sondern in
while ($line=<in>){

Also wohl eher in Zeile 22:
open (in,"<$iFile") || die $!;