#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my %data;

while ( my $line = <DATA> ) {

    # skip empty or commented lines
    next if $line =~ m/^\s*($|#)/;

    chomp $line;
    my ( $key, @values ) = split m/\s*[:,]\s*/, $line;

    # resolve references to previously defined keys (and delete those when resolving)
    @values = sort map { m/[\d+]/ && exists $data{$_} ? @{delete $data{$_}} : $_ } @values;
    
    $data{$key} = \@values;
}

# check result
for my $k ( sort keys %data ) {
    local $" = ", ";
    print "$k: @{$data{$k}}\n";
}

# RESULT:
# [9]: a, b, c, d, e, f, g, h, i, j


__DATA__
# [x] : Knoten || a, b : Blaetter
# - ein Knoten wird nur ein einziges Mal referenziert
# - ein Knoten referenziert nur einen anderen Knoten, der zuvor definiert wurde
# - wird ein Knoten referenziert, wird diese Referenz aufgelöst und durch die Blaetter ersetzt
[1]: a, b
[2]: c, [1]
[3]: d, e
[4]: f, [3]
[5]: g, h
[6]: i, [5]
[7]: [2], [4]
[8]: j, [6]
[9]: [7], [8]