Einen echten Parallelprozess kannst du ganz hervorragend mit Win32::Process starten, falls das gewünscht ist. Damit könnte man eine Batch starten, die ihre Ausgaben in eine Datei schreibt, welche das Perlscript wiederum einliest. Habe auch mal so ein Konstrukt gebaut, das klappt ganz hervorragend.

Bei einfachen Sachen würden ansonsten wohl auch die Backticks funktionieren.
http://stackoverflow.com/questions/10870591/perl-u...

Generell wirst du dich damit abfinden müssen, das eine bidirektionale Kommunikation mit einem anderen Programm unter Windows nicht klappen wird. Daran habe ich auch monatelang gearbeitet und dazu gibt es hier etliche Threads von mir. IPC::Open3 und alles was es da sonst noch gibt würde also lediglich zum Starten einer Anwendung taugen aber nicht für mehr.