Erste Platte, zweite Platte?
NAS haben meist ein RAID-Verbund. Und da hat eben eine Platte defekte Dateien und die andere nicht. Was nicht stören muss.

Wenn du Platte einzeln kopierst, kann's eben passieren, dass kaputte aber aktuelle Dateien nicht rüber kopiert werden, von der anderen Platte alte aber intakte Dateien aber schon.