Von welchen Größenordnungen sprechen wir denn hier was Geschwindigkeit angeht?

Du könntest mal versuchen, ob es am Code liegt oder nicht, indem Du dein Script einfach mal mit einer for-Schleife umgibst und es zb 20 mal ausführst und guckst, ob, wenn's einmal läuft, DB-Verbindung, Abfragen etc pp wirklich lange dauern. Wenn das nicht der Fall ist, kostet dich vermutlich die Prozessgenerierung schon viel Zeit, in dem Fall könnte mod_perl o.ä. helfen.
Dauert's auch ohne neue Prozesse zu generieren lange, kannst Du ja mal einzugrenzen versuchen, wo die Zeit verloren geht.
Wenn's MySQL ist: aktiviere mal log_slow_queries in der my.cnf und schau dir an, welche Queries länger als X dauern. Um's ganz genau zu sehen: long_query_time auf 0 setzen und Du siehst alle ausgeführten Queries, wie lange sie liefen, wieviele Rows sie brachten und wie lange sie auf Locks warten mussten.

Aber wenn das in die Richtung geht, wäre ein neuer Thread für die Optimierung sinnvoll.