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nur die apache2.conf, mit dem anderen Verzeichnissen oder Files kann ich nichts anfangen.

Oh je. Du solltest dich ein bisschen in Apache unter Debian einlesen.
Irgendwo rumpatchen, damit zerhaust du dir nur das Konzept.

Unter sites-enabled sollte eine Konfigurationsdatei vorhanden sein, die du editieren kannst.

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<FilesMatch "\.(p(m|lx?)|cgi)$">
Options +ExecCGI +FollowSymlinks
SetHandler cgi-script
</FilesMatch>

Das kann in die Directory-Konfig für /var/www/ gesetzt werden.

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Wenn ich das in die .htaccess einfüge kommt '500 Internal Server Error'.
CHMOD der Dateien sind 755.

Dann schau bitte in die Logdatei deines Apache rein was da fehl schlägt.