Ich vermute mal das das Script zu einer exe gewandelt wurde.
Wenn meine Annahme wahr ist:

Praktisch alle Perl-"Compiler" bestehen aus einem Starter mit einem angehängten Archiv, das alle für das Script nötigen (und unnötigen) Module enthält. Das Archiv wir in auf die Festplatte entpackt und das darin enthaltenen Script gestartet.

Der Fehler tritt wohl auf, wenn das Script schon mal gestartet wurde und der Starter auf dem Startmedium nachschaut ob die Module auf dem Startmedium neuer sind, als die schon kopierten Module und Windows das Medium in dem Moment blockiert.
Eine solche Blockierung kann viele Gründe haben, aber meist passiert es, wenn das Medium gerade geparkt oder gestartet wird.
Die multiplen Zugriffe folgen aus der internen Struktur des Starters, der für jedes Modul das Archiv neu öffnet.

Das kommt vom Startet direkt und du hast kaum einen Einfluss darauf.