Zwei Hinweise dazu:

1. Es gibt in Perl auch die Quote-Operatoren q und qq, die dasselbe tun wie einfache bzw. doppelte Anführungszeichen. Du kannst also einfacher und lesbarer schreiben:
my $a = q('var1="key:'val'" var2 var3'); (und einfache ' muss man in doppelten " nicht quoten) - und bist du sicher, dass in $a 4 einfache Anführungszeichen vorkommen sollen?

2. Du führst system mit einem Argument aus. Das heißt, dass hier nun noch die Shell mitspielt, die ihre eigenen Quote-Regeln hat. Also nimm besser das system mit mehreren Argumenten. Also: system("perl", "test.pl", $a);