Warum sollten sie nicht laufen?

Wenn das ganz allgemeine Module sind, und keine Activestate-spezifischen (sollte es da welche geben), dann sehe ich da kein Problem drin. Die Module müssen im Strawberry Perl eben auch installiert werden, aber ansonsten wüßte ich gerade nicht, dass es da - ganz allgemein - weitere Probleme geben würde.

Eventuell mag es mit einzelnen Modulen Probleme geben, weil da vielleicht Abhängigkeiten nicht erfüllt werden können, aber das kann man nicht pauschalisieren; dazu müsste man wissen, um welche Module es geht.

Die Art und Weise, wie die Module installiert werden, unterscheidet sich allerdings von ActivePerl. Siehe dazu auch im hiesigen Wiki: ModuleWieInstalliereIchEinModul, Sektion "Mit dem CPAN-Modul (direkt über Perl, alle OS, unter Windows z.B. bei Strawberry Perl)"

Hast Du Dir die verschiedenen ActivePerl Versionen mal angesehen?
Was Du beschrieben hast, klingt mir nicht nach großartigem Produktiv-Server ... Da bliebe IMHO eigentlich nur ein Schluß übrig (wenn's unbedingt ein ActivePerl sein muss)...