Wenn file die Kodierung nicht erkennt, dann hat das Programm entweder am Anfang keine spezifischen Umlaute gefunden, oder es ist eine exotische Kodierung, oder mehrere Kodierungen sind gemischt.

Ohne weitere Informationen ist es nicht leicht das einzugrenzen.

Auf welchen System arbeitest du?
Welche Perl-Version verwendest du?
Kannst du einen aussagekräftigen Ausschnitt aus der Datei zeigen?