Wirf das Dateisystem und den URI-Pfadanteil nicht durcheinander. Auch wenn sie meistens aufeinander abgebildet werden, ist der Zusammenhang nicht zwingend.

Eine URI ist ein "Pfad" der zu einer Resource/Aktion auf einem Server zeigt. Was die einzelnen Teile der URI auf dem Server machen sollen kann nur der Server wissen. ".." muss nicht zwingend weiter zum Root in einem Dateisystem weisen, es kann auch etwas anderes bedeuten.

So habe ich schon Server getroffen die "Abkürzungen" erlaubten: http://example.org/../ziel?option=a anstatt example.org/root/foo/bar/bam/ziel?option=a

Das Bedeutet wenn du lokal eine URI zusammen baust kannst du nicht einfach die ".." und "." auflösen. Nur der Server kann wissen was damit passieren soll.
Auch wenn die URI auf ein Dateisystem Abgebildet wird kann es Links enthalten, die auf ganz andere Teile des System verweisen. So kannst du mit /foo/../bar/bam wo ganz anders als erwartet landen als mit /bar/bam wenn foo ein Symbolischer-Link ist.