Das !/^\*\*\*INPUT STATEMENT:/i wird *vor* dem Match ausgeführt, was widerum ein ! ($_ =~ /^\*\*\*INPUT STATEMENT:/i) ist. Da in $_ nichts steht, gibt das keinen Treffer. Das aber negiert gibt "1". Und $input =~ 1 ist unwahr, weil keine 1 vorkommt.

Wenn in $input eine 1 steht, bekommst Du einen Treffer: