Thread Hilfe zu Mustererkennung + if (27 answers)
Opened by Anonymus at 2013-06-13 11:02

GwenDragon
 2013-06-14 11:19
#168197 #168197
User since
2005-01-17
14748 Artikel
Admin1
[Homepage]
user image
Ich kenne mich zu wenig mit den Fachbegriffen der Bioinformatik aus.
Musst du wohl noch auf jemand anders warten.

Mit Einlesen der Restriktionsenzyme gehts beispielsweise so.

Code (perl): (dl )
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
use strict;
use warnings;

use 5.010; # Funktionen für modernes Perl aktivieren

say "Geben Sie eine Nukleotidsequenz ein:";
my $Nuk = <STDIN>;
#my $Nuk = 'GATTCCTTGACGATTCCCAGTCATATGGATCGATTCCTCAGCATATGA'; # nur zum test 

chomp $Nuk;

say "Geben Sie Restriktionsenzyme (mehrere getrennt druch Leerzeichen) ein:";
my $Restriktenz =  <STDIN>;
#my $Restriktenz =  'GATTCC CATATG'; # nur zum test 
chomp $Restriktenz;

# Liste Restriktionsenzyme als Hash
my (@restriktenz) = split /\s+/,$Restriktenz;

my %found;
for my $res (@restriktenz) {
        my (@num) = ($Nuk =~ /($res)/gi);
        $found{$res} = scalar @num;
}


say "$_ wurde "
        . $found{$_}
        . "mal gefunden"
        # sortiert nach Restriktionsenzym 
        for sort keys %found;   


//EDIT:
Klar kannst du FASTA-Sqeuenzen einlesen.
Es gibt da auch fertige Module.

Und das Web bietet zum Thema BioInf, wenn auch (nicht immer moderne) Anregungen wie:
http://linuxfocus.berlios.de/Deutsch/April2005/art...
http://www.embl.de/training/scienceforschools/teac...
Last edited: 2013-06-14 11:34:57 +0200 (CEST)

View full thread Hilfe zu Mustererkennung + if