Thread Hilfe zu Mustererkennung + if
(27 answers)
Opened by Anonymus at 2013-06-13 11:02
Ich kenne mich zu wenig mit den Fachbegriffen der Bioinformatik aus.
Musst du wohl noch auf jemand anders warten. Mit Einlesen der Restriktionsenzyme gehts beispielsweise so. Code (perl): (dl
)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 use strict; use warnings; use 5.010; # Funktionen für modernes Perl aktivieren say "Geben Sie eine Nukleotidsequenz ein:"; my $Nuk = <STDIN>; #my $Nuk = 'GATTCCTTGACGATTCCCAGTCATATGGATCGATTCCTCAGCATATGA'; # nur zum test chomp $Nuk; say "Geben Sie Restriktionsenzyme (mehrere getrennt druch Leerzeichen) ein:"; my $Restriktenz = <STDIN>; #my $Restriktenz = 'GATTCC CATATG'; # nur zum test chomp $Restriktenz; # Liste Restriktionsenzyme als Hash my (@restriktenz) = split /\s+/,$Restriktenz; my %found; for my $res (@restriktenz) { my (@num) = ($Nuk =~ /($res)/gi); $found{$res} = scalar @num; } say "$_ wurde " . $found{$_} . "mal gefunden" # sortiert nach Restriktionsenzym for sort keys %found; //EDIT: Klar kannst du FASTA-Sqeuenzen einlesen. Es gibt da auch fertige Module. Und das Web bietet zum Thema BioInf, wenn auch (nicht immer moderne) Anregungen wie: http://linuxfocus.berlios.de/Deutsch/April2005/art... http://www.embl.de/training/scienceforschools/teac... Last edited: 2013-06-14 11:34:57 +0200 (CEST) |