Linux? Am bequemsten ist Soundverarbeitung wohl mit audacity.
Wenn es im Skript laufen muß, würde ich es mit sox (und "system()")versuchen. Laut

http://sox.sourceforge.net/Docs/Features

kann das auch filtern.
Ob es ein entsprechendes Perl-Modul gibt, weiß ich nicht, aber wenn, wäre es wahrscheinlich kaum so mächtig wie sox.

Unter Windows kann man sehr viel mit VST-Plugins machen, allerdings nicht in einem Skript.